Понадобилось соединить два здания (расстояние около 50м).
В одном здании обычный маршрутизатор, в другом комп с сетевой картой.
Вопрос - какой кабель применять, и нужна ли защита от грозы?

Скорее от сосулек.

а вафля как вариант не рассматривается?

(0) смотри (1). Но от грозы я бы защитился тоже.

(3) А как? Вот здесь упоминаются какие-то разрядники, а какие надо ставить?
FTP SFTP UTP посоветуйте

(0)
1. обязательно по воздуху кабель тянуть?
2. обязательно кабель?
3. кроме одного обычного компа больше ничего не планируется?

(0) делай так: тянется трос, к тросу через каждые полметра крепится UTP для наружной прокладки(есть такой, но искать придётся...), трос заземлить, с обоих концов коммутаторы (что-бы если что вылетели только коммутаторы).
При прокладке троса не забыть про габарит транспорта (не менее 4м)
но оптика конечно лучше

(6) оптику на 50м для одного компа? мсье знает толк.

(6) "тянется трос, к тросу через каждые полметра крепится UTP для наружной прокладки(есть такой, но искать придётся...), трос заземлить, с обоих концов коммутаторы (что-бы если что вылетели только коммутаторы)"
вафля дешевле

(7) если это комп генерального - не вопрос

(8) вафля на 1 Гб будет дороже

(6) Зачем трос заземлять?
(4) http://shop.nag.ru/search?word=Грозозащита

Конкретно для тебя
1) http://shop.nag.ru/catalog/02557.Elementy-SKS/05627.Grozozaschita/12292.SNR-DROZD-10
2) http://shop.nag.ru/catalog/02557.Elementy-SKS/05627.Grozozaschita/05185.SNR-SP-10

Или любые аналогичные

(0) Этажность здания №1 и №2, и на уровне какого этажа будет идти кабель?

(11) Спасибо

(12) А какая разница, от ЭМИ не спасет. Мы же тут не про прямое попадание молнии говорим. При прямом попадании ж0па всему.

у нас вот такие пользовали:
http://www.dalradio.ru/catalog.php?tovar_id=871
http://www.dalradio.ru/catalog.php?tovar_id=692
http://www.dalradio.ru/catalog.php?category_id=72
РГшки - хорошие и недорогие в сравнении с apc net-protect :)

(15) дороговато