Есть заявка №329АП(например) под эту заявку покупают товары(несколько приходов) и по ней же продают. Каким инструментом в УТ10 это можно реализовать? Как отражать покупку/продажу, что-бы после получить отчёт в разрезе конкретной заявки?

так и работает

книжка "управление заказами в системе программ 1С предприятие 8"

А Сделка - не оно?

(1) она в коробке должна быть?

(2) по смыслу оно. Вот делаю я поступление, где сделку указать? Или надо где-то включить учёт по сделкам?

(4)В поступлении указан Заказ поставщику?

Вкратце схема такова:
основной документ: "Заявка" = Заказ покупателя
на основании -> Заказ поставщику (в ТЧ поле размещение - указан конкретный "Заказ покупателя") -> ПоступлениеТУ ( в шапке заказ поставщику, в ТЧ поле заказ = Заказ покупателя) -> таким образом товар на склад упадёт уже с резервом по данному заказу -> РеализацияТУ (в Тч поле Размещение = Заказ покупателя)
соответственно по всем отчетам группируешь по сделке