БП=2.0.60.4
Организация торгует оптом и в розницу. Более 90 % уходит в розницу ЕНВД, поэтому при приходе для НДС ставится галка "Включать в стоимость". Далее при реализации (неважно когда -в текущем периоде или нет) при реализации в опт образуется проводка:
Дт 90.02 Кт 19.03 отрицательную сумму ("НДС исключен из стоимости МПЗ")
До этого момента БП отрабатывает нормально, а дальше должна формироваться Проводка Дт 68.02 Кт19.03 -НДС принят к вычету -но вот эту проводку нигде не вижу. Формирование книги покупок -тоже не делает этих проводок по описанным операциям.   В результате на 19 растет сальдо, вычета по НДС нет.
Как  в БП должен происходит вычет по исключенному из стоимости НДС?

(0) Что-то оприходование суммы НДС через сторно (Дт 90.02.2 Кт 19.03) мне совсем не нравится.
В сторону регистров по учету НДС копал? По ним как твоя операция со сторнированием прошла?

Регистры также движутся "НДС Предъявленный", НДС по приобретенным ценностям","НДС, включенный в стоимость".
Я считаю, что это движение (Сторно)- программа нормально отработала, но вот дальше еще одна проводка должна быть-68.02-19.03- её нет

Я так понимаю, весь входящий НДС у тебя идет на 41 счет. И на 90.02.2 НДС ушел с Кт 41. А сторнируется с 90.02.2 на 19.03.
Я бы добивался поступления НДС именно в дебет 19.03.

А разница какая? в итоге остаток на дебете 19.03. Я думаю,описанная операция не редкая для совместных режимов по НДС,кто то же  работает так же

Подниму тему -вопрос остается открытым.