У одного юзера есть этот реквизит, а другого нету.
Запрос берет из регистра накопления

АП

РЛС м.б.? Реквизит этот если на форму вывести всем по умолчанию, то у пользователя этого он появится на форме?

(2) Сам документ и реквизит пользовател видит, конечно через РЛС.
Но вот в СКД не видит реквизит этого документа через поле регистратор

СКД кроме чтения надо еще право просмотр. Это моя последняя догадка :)

(4) Не понял, объясни еще раз пож.

(5) У реквизита, который не виден, есть тип ("Справочник.номенклатура"например). Если у пользователя есть право на чтение этого справочника (право "чтение"), но нет права на просмотр (право "Просмотр"), то СКД будет игнорировать все реквизиты с таким типом. Но это в теории. я помню, что когда-то я делал отчет, где к регистру продажи привязывал регистр сведений закупочные цены. и вот колонка с закупочными ценами была только у тех, у кого было право "просмотр" на этот регистр сведений

(6) Есть у него права на просмотр

Вероятнее всего дело в правах доступа.
Нужно проверить все возможные типы для искомого реквизита. Если хотя бы для одного типа у роли нет прав, то его пользователь видеть не будет.