Это работает:
рег=СоздатьОбъект("Регистр.ОстаткиТМЦ");
спрС=СоздатьОбъект("Справочник.Склады");
спрС.ВыбратьЭлементы();
Пока спрС.ПолучитьЭлемент() = 1 Цикл
рег.УстановитьЗначениеФильтра("Склад",спрС);
рег.ВыбратьИтоги();
  Пока рег.ПолучитьИтог()=1 Цикл
    Сообщить(""+рег.Фирма+""+рег.Номенклатура""+рег.Количество);
  КонецЦикла;
КонецЦикла

Это радует. А проблема-то в чём? (Я уж, грешным делом, больше привык к "не работает... что делать?", а не к "работает, что делать?").

(1) Ему по ходу надо, чтобы не работало :)

(2)  Ан нет, проблема таки есть - у него ж фильтр устанавливается в белый свет, как в копеечку... Работает лишь потому, что повезло.