Планируется сервер приложений, SQL и терминальный - все в 1.

На сервере есть:
Raid 1 из 2 Sata Enerprise
Raid 10 из 4 SSD

Как лучше установить винду?

1) Винду и софт на Sata. Что у SQL перенести на SSD? Или и ставить SQL На SSD. БД на SSD.

Удобно, если что то случилось с системой, то данные не затрагиваются.
(можно решить разделами или LUN) Дольше грузится винда.
Требует доп. настройки.

2) И систему и ПО и данные размещаем на SSD. Sata под бэкапы.

SSD маленькие - может встать вопрос нехватки свободного места.
И система и данные на 1 массиве. Все яйца в 1 корзине )
Но работает быстрее, чем в 1)

Систему на SSD
Базу на SATA

данные на ssd не очень хорошо, все таки по надежности они пока очень сильно уступают обычным дискам. В данном случае я бы делал так система и свопы ssd для системы и терминальщиков. База на sata 5 raid (10 слишком избыточно по дискам на мой взгляд) tempdb от скуля еще один ssd