Выгружаю счет-фактуру, документ основания составной тип. У меня есть 2 ПКО на один документ. Как КД выбирает нужное ПКО для составного реквизита?

По фактическому типу значения.

Так у меня 2 ПКО с одним и тем же типом значения, какое он выберет?

По приоритету, скорее всего. С минимальным приоритетом. Если хочешь назначить конкретное, то в ПКС в обработчике "перед обработкой" пропиши как тебе надо

ИмяПКО = "...";

на память, перед выгрузкой
Если МоеУсловие Тогда
    ИмяПКО = "ПервоеИмяПКО";
Иначе
    ИмяПКО = "ВтороеИмяПКО";    
КонецЕсли;
подробнее там в справке было вроде

Ладно, буду копать дальше.В принципе да, должен по приоритету, но получается обратное в моем случае. Лезет вспомогательное ПКО вместо основного. Переназначить курами - это понятное дело, просто вот вылезла ошибка, а я и не понимал сначала, что вообще происходит.