В документе Реализация материалов нужно сделать выбор способа оплаты наличными или картой так чтобы при формировании отчета гашения они разделялись. Куда копать?

немного непонятно.
Создай реквизит шапки СпособОплатыНаличными = Перечисление.СпособОплатыНаличными.КакойТоСпособ(Наличные Карта) При отчёте разделяй по значению перечисления.
(ЗЫ) Можно Справочник.СпособОплатыНаличными - на вкус и цвет ...

Не пойму где они должны разделяться - при проведении или где.

Если надо сделать только один отчёт с разделением я бы не стал при проведении делить - хватит и отчёта.
1. План счетов и субконто в нём определяются приказом главковерха по конторе, и просто от прихоти какого то пользователя, пусть даже и Супер-программиста зависеть не должны.
2. То же , но в меньшей степени и по регистрам.

Так какой модуль и какую функцию мне смотреть?

а конфа какая?

при проведении реала в зависимости от способа оплаты получишь проводки соответственно за нал это стало быть 50счет  , а за безнал по карточке соответственно 62счет... вот тебе и разделение. все ж уже придумано давно

Конфа Производство Услуги Бухгалтерия