Порядок следующий:
1. Счет на оплату
2. На основании счета поступление средств от покупателя
3. На основании счета реализация
4. На основании реализации вводим СФ
И вот в СФ, в таблицу платежные документы, не подставляется документ "Поступление на расчетный счет".
В чем тут дело ?

Видмо, потому что вводите на основании реализации

А должна?

Ну да. Вводим на основании реализации.
Вообще, в каком случае эта таблица заполняться должна ?

(3) что-то мешает позырить простенький запрос, который подложен под счет-фактуру ?