Есть 2 запроса:
ВЫБРАТЬ
    Номенклатура.Родитель КАК Родитель1,
    0 КАК НомерАртикул1,
    Номенклатура.Ссылка КАК Родитель2,
    0 КАК НомерАртикул2,
    0 КАК ПорядковыйНомер
ИЗ
    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
ГДЕ
    Номенклатура.ЭтоГруппа
    И Номенклатура.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    Номенклатура.Родитель.Код,
    Номенклатура.Код

И

ВЫБРАТЬ
    КОЛИЧЕСТВО(РАЗЛИЧНЫЕ Номенклатура.Ссылка) КАК ПорядковыйНомер
ИЗ
    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
ГДЕ
    Номенклатура.Ссылка В ИЕРАРХИИ(&Ссылка)
    И НЕ Номенклатура.ЭтоГруппа
    И Номенклатура.Артикул = ""

Нужно следующее, получить в поле ПорядковыйНомер из запроса 1, порядковый ПорядковыйНомер из запроса 2, пока что только выполнить и запрос 1 и пройтись циклом и заполнить по запросу 2 мысли хватает сделать..

(0) в качестве параметра Ссылка запроса 2 передаю Родитель2 из запроса 1

(0) простым языком мне надо в 1 запросе получить количество элементов без артикула у подгруппы Родитель2, и пометка во втором запросе должно быть Номенклатура.Артикул <> ""

(0) делай запрос в цикле... главное, через пару месяцев вернись к этому и перепиши как следует

первый запрос выкини, во второй добавь условие

Номенклатура.Родитель.Родитель.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка)

и группировку по родителю