(0) записываешь наборы, потом читаешь результаты расчета. Алгоритмы в настройках видов расчета.
(1) >> Или это признак, какие документы нужно перепровести
в упрощенном варианте - да.
в синтаксис-помошнике есть метод ПолучитьБазу. Поиском по конфе ЗУП2.5 этот метод ниразу не используется. Какими средствами для расчета базы и где пользуются?