Как написать запрос, чтобы перенести все группы в той структуре как они стоят в источника, заранее не известно сколько у групп подгрупп

Упорядочить По Ссылка Иерархия

Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
        |    Номенклатура.Ссылка КАК Ном
        |ИЗ
        |    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
        |ГДЕ
        |    Номенклатура.ЭтоГруппа = ИСТИНА
        |
        |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
        |    Ссылка ИЕРАРХИЯ";

Результат = Запрос.Выполнить();

Вот запрос! но он вывел все группы номенклатуры просто списком

И получается нужно проверять у каждой группы бесконечное количество его родителей?

(2) Выгружай в дерево.

Если переносишь из 1Cv8 в 1Cv8, то переноси по ГУИДам и не лохмать бабушку.