Нужно создать около 150к элементов справочника и привязать их к примерно стольким же элементам другого справочника. Как рекомендуется работать с таким объемом данных?? Записывать порционно?

по одному - что бы базу не вешать.

прямым SQL запросом

(0) По одному. 150 тыс не так и много. Спокойно создастся без никаких ухищрений.
Об оптимизации имеет смысл говорить, только если мы говорим о многоразовой периодической загрузке.

т.е. одной транзакцией записать все?

Просто по одному. Обычным циклом.

(4) Стопятьюдесятью тысячами транзакций, сказали же.

(0) Я обычно пишу по 300-500 элементов в транзакции.
Еще перед этим желательно проверить содержимое модуля объекта на наличие проверок в событии "ПередЗаписью" - бывают подарки :)