При выплате премии выделены две группы сотрудников:
1 группа - выплата части премии будет отсрочена 40% будет зависеть от финансовых результатов.
2 группа - выплата премии производится также,как и раньше.

Можно ли реализовать такое в ЗУП 3.0 ?

отсрочка на 1 год

Можно ! Только описать правильно нужно.

Есть такая область как показатели схем мотивации - это нужно сказать что отличная штука в ЗиУП.

(0) А как выплата премии производилась раньше?
Честно говоря читая Ваш вопрос понимаю что если вы начисляете премию, к примеру, в сентябре 2015 года и выплачиваете в сентябре 2016 года то Ваше руководство нужно судить, а организацию закрыть за грубое нарушение трудового законодательства!

(4)а где можно почитать насчет показатели схем мотивации?