беру в запросе
|    РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(&ДатаКон, ) КАК ТоварыНаСкладахОстатки
....    
Запрос.УстановитьПараметр("ДатаКон",НачалоДня(Дата)-1);

Получается, что ДатаКон= 31.08.2015 23.59.59
А в этот момент времени есть отгрузка и эта отгрузка не попадает в запрос.
Как нужно сделать?

убери -1, и получишь ровно то, что тебе нужно.

Граница.По умолчанию
Граница (Boundary)
На основании значения и вида
Синтаксис:

Новый Граница(<Значение>, <ВидГраницы>)
Параметры:

<Значение> (обязательный)

Тип: Произвольный.
Значение границы.
<ВидГраницы> (необязательный)

Тип: ВидГраницы.
Включение/исключение граничного значения.
Если параметр не задан, используется вариант границы с включением граничного значения.
Описание:

Создает новую границу с заданными характеристиками.
Также может быть создан с использованием функциональной формы оператора Новый.
Важно! Конструктор в тонком и веб-клиентах не доступен.
Пример:

Параметры = Новый Массив(2);
Параметры[0] = Дата;
Параметры[1] = ВидГраницы.Включая;
Граница = Новый(Тип("Граница"),Параметры);
Запрос.УстановитьПараметр("КонГраница", Граница);

или граница