Ведем суммовой учет по двум типам товаров масла и запчасти
при перемещении на оптовый склад товарам назначаем себестоимость
при оформлении реализации с этого оптового склада для позиции масла в проводках себестоимость отражается корректно
для запчастей в проводках себестоимость ровно 1/2!!!! КАК ТАКОЕ МОЖЕТ БЫТЬ?!

В каких проводках? И что значит "товарам назначаем себестоимость"?

Движение документа дебет 90.02.1 кредит 41.01
себестоимость у нас автоматически не расчитывается поэтому в документе перемещение товаров в движении документа мы вносим ручную корректировку наценки дебет 41.01 кредит 42.02

(2) Прэлестно.

А как товары порадают на склад? Обычно они имеют сумму и количество

Количество всегда 1 в поступлении на сумму

Продолжайте наблюдение. Последовательность ни в коем случае не восстанавливайте и карточки для анализа не формируйте.