Как в документах отобрать на уровне записей только те документы, у которых реквизит доступен? Что-то типа
ТекущаяТаблица
ИЗ #ТекущаяТаблица КАК ТекущаяТаблица
Где ТекущаяТаблица.Реквизит В (Выбрать РАЗРЕШЕННЫЕ
Справочник.Ссылка ИЗ Справочник.Справочник КАК Справочник)

Только вот система не позволяет в rls изпользовать разрешенные во вложенном запросе.

не надо так делать....

правильно - повторить условие, что обычно заставляет добавлять реквизиты в сам объект

РАЗРЕШЕННЫЕ пишется только в начале запроса