Думаю в копии базы удалить инфу по другим помпаниям,
Вопрос ,готовая обработка есть? и вообще какие подводные камни в подобном разделении?

Может проще в чистую базу перетащить все документы по этой организации?

я бы выгрузкой и загрузкой xml перенес в чистую базу р/с по ней (учетка и т.п.) и доки *с* движениями

В нашей большой конторе постоянно то слияние, то разделение.
Первые разы делал перенос  новую базу данных по одной нужной организации с помощью ВыгрузкиЗагрузкиXML. Но постоянно что-то, какой-нибудь регистр забудется, не связанный напрямую с организацией. Например, РС ГрафикиРаботыПоСменам.

Пришел к выводу, что удалять лишнее, хоть и дольше но надежнее. Теперь так делаю.

(0) за одну минуту самому написать не проще?

(1) (2) а если данные по организации > 10 гигов - не думали, сколько по времени перенос будет делаться?
да и тащить надо на прямую, иначе никаких HDD не хватит на файл переноса

> "> 10 гигов"
pff!..