служба агента сервера не запущена, в процессах висит ragent.exe, работает консоль серверов 1С с центр сервером на этом компе  - я правильно понимаю, что 1С установлена здесь как приложение?

Как обновлять платформу с таким вариантом? Останавливать процесс, устанавливать платформу, запускать ragent.exe новой платформы?

Обновить платформу нельзя - ты ставишь новую версию
Поэтому ставь и настраивай запуск нового агента сервера 1С (из каталога более свежего релиза платформы)

удали старую и поставь новую 8.3.7.1901

(2) ага. а если там программные лицензии? где я их возьму в 2 часа ночи?

почему служба остановлена, а все работает, консоль серверов работает

(3) они удалением штатным никуда не денутся

(4) Потому что работу всего этого обеспечивает процесс.
Служба - это лишь шаблон для запуска процесса.