(0) Если по портам разнес корректно, то всё должно работать.
У нас была похожая проблема, но только при обновлении версии платформы 8.2. После удаления старой версии 8.2 в реестре всегда оставались "хвосты" от предыдущей версии, которые приходилось удалять вручную. Без удаления старых ключей служба 1С 8.2 падала (останавливалась) сразу после старта.