Есть спр. (скажем) "Хранимые Файлы".
У этого спр-а много владельцев (Контрагенты, Сотрудники, и т.п.).

Как настроить права спр-а, чтоб элемент имел такие права как у своего владельца?

В порядке бреда. Загнать разрешенных владельцев в параметры сеанса, в RLS справочника:

Спр ИЗ Справочник.Справочник1 КАК Спр
ГДЕ Спр.Владелец В (&Разрешенные)

Минус - придётся как-то апдейтить этот параметр при изменении этих справочников.

Кстати вопрос: можно ли как-то получить ссылки на объекты, для которых разрешена ЗАПИСЬ?