Настроил обмен через универсальный формат обмена. Прошло сопоставление справочников. И возник вопрос. Разве при сопоставлении справочники из одной базы замещаются из другой? Разве сопоставление идет не через соответствующий РС?

Разве сопоставление идет не через соответствующий РС?
Регистр соответствий больше не используется
http://its.1c.ru/db/metod8dev#content:5870:hdoc:hdoc

(1) привожу цитату из вашей же ссылки:
Для успешного сопоставления объектов с разными GUID должно быть место для хранения информация об их соответствии. Таким местом является регистр сведений Публичные идентификаторы синхронизируемых объектов (далее РПИ).
http://its.1c.ru/db/metod8dev#content:5870:hdoc:публичные_идентификаторы_объектов

Надо быть редким мазохистом чтобы при имеющейся возможности вести регл. учет в ЕРП, пытаться натянуть многострадальный обмен с БП...

БП используется уже много лет. Как-то боязно перейти полностью в erp, тем более не в начале года.

(4) на самом деле там вполне приличный перенос остатков. Но вот сам регл. учет бухгалтеров несколько пугает. Например, я так и не нашел пресловутой ручной корректировки в документах (правда, особо и не искал, но на форме галки нет). Что правильно

А тебе не боязно что при выгрузке в БП через кривые обмены похерятся договора например, или счета учета не те встанут, или часть операций не выгрузится вообще?