В нетиповой базе делаю простейший запрос типа
ВЫБРАТЬ
    Документ.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
    Документ.РеализацияТоваровУслуг

В СКД настраиваю отбор по ссылке на равно одному конкретному документу.
Формирую.
Порядка 50 секунд.

Делаю отдельную обработку, в ней запрос с отбором в ГДЕ по одному документу.
Формирую.
Меньше 1 секунды.

Что это за хрень?

Фигурные скобки тут надо в ГДЕ.
Как в (23).
Иначе идет выборка по всей базе.