Всем здр! есть обработка которая в Таблицу значений выводит документы за нужный период. В ТЗ есть столбик флажок. Нужно получить запросом, только отмеченные флажком документы. Как вставить это условие в запрос?

Запрос к этой таблице значений будет?

(0)Вставь ТЗ в запрос и отбери.
А вообще нафига запросом?  .НайтиСтроки() намного проще

(1) запрос будет к отмеченным документам из ТЗ

Если нужно получить список отмеченных документов, то НайтиСтроки из (2) или создать копию таблицы через .Скопировать(ПараметрыОтбора), затем выгрузить колонку со ссылками.

Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.УстановитьПараметр("НачалоПериода", НачалоДня(НачалоПериода));
    Запрос.УстановитьПараметр("КонецПериода", КонецДня(КонецПериода));
    Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ
    |    ВложенныйЗапрос.Номенклатура,
    |    ВложенныйЗапрос.Количество,
    |    ВложенныйЗапрос.Коэффициент,
    |    ВложенныйЗапрос.Ссылка.СкладОтправитель КАК СкладОтправитель,
    |    ВложенныйЗапрос.Ссылка.СкладПолучатель КАК СкладПолучатель
    |ИЗ
    |    (ВЫБРАТЬ
    |        ПеремещениеТоваровТовары.Номенклатура КАК Номенклатура,
    |        ПеремещениеТоваровТовары.Количество КАК Количество,
    |        ПеремещениеТоваровТовары.Коэффициент КАК Коэффициент,
    |        ПеремещениеТоваровТовары.Ссылка КАК Ссылка
    |    ИЗ
    |        Документ.ПеремещениеТоваров.Товары КАК ПеремещениеТоваровТовары) КАК ВложенныйЗапрос
    |ГДЕ
    |    ВложенныйЗапрос.Ссылка.Дата МЕЖДУ &НачалоПериода И &КонецПериода";

(4) вот что нужно получить из документов

(6) Ну добавь в запрос условие на массив ссылок.