Подскажите две идентичные базы надо перенести платежки входящие, но только по конкретному подразделению что нужно указать и где?)

(0)
добавляешь параметр подразделение
1) в пвд делаешь запрос с этим параметром
или
2)В ПКо платежки передвыгрузкой платежки проверяешь параметр и подразделение указанное в платежке при несовпадении ставишь отказ

Если конфы идентичные, можно обработкой с ИТС ВыгрузкаЗагрузкаДанныхXML.
В ней установить нужный отбор.