Нужно изменить правило регистрации для документа по условию. Выгружать/Не выгружать в зависимости от значения перечисления ВидОпераций. Где в конфигурациях лежат правила регистрации? (в шаблонах есть правила регистрации только для конфигурации-приемника).

Плохо искал, либо это именно те ПРО, которые тебе нужны (просто названы так)

нет. там объекты конфигурации-приемника.. а ПРО источника я нашел в макете в плане обмена

(2) ну это очевидно, правила в конфигурации, а правила для другой базы во внешнем файле.