Такое впечатление что где то W2008R2 ограничивает до 1000 kbps на коннект.
так ли это ?

Так это задается на клиенте

подскажите, где глянуть ?

Там где "определяется автоматически" ?
что оно не пугает, что не определяет больше 1Мб...

(0) Ютуб тормозит?

(1) не только, можно и на сервере терминалов задать настройки по умолчанию

(2) не поверишь, в панели управления