Вариант 1: Надо ЗП за июнь рассчитать перед выплатой. Но тогда ЗП вмесет с отпускными пойдет в оплату.
Вариант 2: рассчитать только удержания перед выплатой. В при расчете ЗП - пометить на удаление этот документ, чтобы удержалось вместе с остальными суммами.
Вариант 3: ЗП к выплате - сменить характер выплаты на Отпускные, нажать на надпись Расчет сумм к выплате, в появившемся окошке поставить галку Учитывать удержания.