Нужен ли этот флаг Период действия в регистрах БУОсновныеНачисления, ЕСНОсновныеНачисления?
Если этот флаг снять, то скорость проведения документов сдельный наряд, отражение ЗП и др. увеличивается в десятки раз. Тормоза связаны с расчетом фактического периода действия.
Используют ли эти регистры этот функционал. Насколько я понимаю вытеснения реализованы в регистре Основные начисления, а в этих только уже готовый результат расчета.

Глобальным поиском по конфигурации не судьба воспользоваться?
Если есть обращения к виртуальной таблице "ФактическийПериодДействия", либо к реквизитам "ПериодДействия, ПериодДействияНачало, ПериодДействияКонец", то, соответственно, при снятом флаге "ПериодДействия" в этих местах будут вылетать ошибки.

Да, ошибки вылазят, например при заполнении Отражения. Проводится нормально, но не заполняется.