Бухгалтерия КОРП 3.0.43.260
Организация на УСН ЕНВД.
В базу грузятся большинство операций из другой программы. Все материалы и продукция ведутся на 41 счете, но не суть...

При закрытии месяца формируются движения по каждой номенклатуре/отчете производства за смену с минусовыми суммами с содержанием "Корректировка выпуска продукции (услуг)"

Например: приходуется материал А на сумму 5 рублей, из него через отчет производство за смену создаётся продукт Б с плановой ценой 10, потом продаётся за эту же цену. Потом в закрытии месяца на операции "Закрытие счетов 20,23,25,26" появляется строчка Дт 41.01 Кт 20.01 на сумму -10 и так по всем позициям.

Все галочки в учетных политиках и т.п. перетыкал, новые базы создавал, счета менял на правильные (10, 43 и т.п.), даже в конфигураторе отлаживал закрытие месяца, но причину такого поведения не нашёл.

В чём может быть проблема?

(0) 20-ый счет закрывается?
Вообще корректировки нормальное явление. Рассчитывается фактическая себестоимость продукции и корректируется от плановой. Если у вас всю сумму сторнирует, то скорей всего неверно указаны подразделения/номенклатурные группы в выпуске и в списании затрат

(1) не закрывается.
В моём примере после закрытия месяца на 20 счете становится 5 рублей, а на 41 вообще -10. В рабочей базе куча позиций с минусовой суммой, но с положительным количеством.
Подразделения/группы везде правильные/одинаковые.