Добрый день.
Собственно, сабж.

Релиз БП - 3.0.43.223
Релиз УТ - 10.3.36.1

С обеих сторон права администратора, при обмене документы переносятся, справочники (Номенклатура и КОнтрагенты) переносятся так же, но в поле "Склад" отображено "<Объект не найден .....>". В справочнике "Склады" в БП 3.0 складов из УТ нет.
В файле обмена (xml) описание складов есть.

Подскажите, может есть какая-то тонкость в настройке переноса по складам?

Все, разобрался.

А описать решение?

Обычно при переносе только документов связанные справочники не переносятся. Передаются только ссылки справочников.
Нужно еще зарегистрировать к обмену справочники.