В источнике есть 1 документ поступление (2 ТЧ товары и основные средства), и приемнике 2 документа поступление товаров и поступление основных средств.
Как выгрузить правильно 1 документ в 2?

Одну ТЧ в один документ, другую в другой

В ПВД есть условие при определенных условиях использовать одно или другое ПКО. В итоге отрабатывает только по одному типу документа.

Было бы здорово если бы мне показали готовый кусок кода, чувствую, что-то упуская из вида

для выгрузки во второй документ в ПВД добавьте строчку - ВыгрузитьПоПравилу()