Всм привет !
Только не ругайте. В инете не нашел.

Когда делаю вот так
          СписокФайловДоговорыТЗ =  Объект.ТЧДокументыДоговора.Выгрузить();
          СписокФайловДопФайлыТЗ =  Объект.ТЧДополнительныеДокументы.Выгрузить();


То данные первой табличной части стираеться. Что нужно сделать, что бы данные обе табличной части присутствовали в таблице значенйи ? Выгружать по отдельности и копировать в общую таблицу ?

Да.
Или запросом к записанному (!) документу

Значит запросом сразу с обих ТЧ и выгрузить в ТЗ.

СписокФайловДоговорыТЗ =  Объект.ТЧДокументыДоговора.Выгрузить();
Для Каждого СтрДД  из Объект.ТЧДополнительныеДокументы Цикл
ЗаполнитьЗначенияСвойств(СписокФайловДоговорыТЗ.Добавить(),СтрДД);    
КонецЦикла

(1) Если достигнуть определенной степени просветления, то можно и не к записанному