Как пересопоставить некоторые элементы одного справочника?
Да, обмен уже настроен и давно работает.

Пока только на РС "ПубличныеИдентификаторыСинхронизируемыхОбъектов" имею виды.

Все?
Вариантов - ноль, окромя этого?)

Можно написать свою обработку для регистра и загрузить в него нужные данные