Подскажите, есть ли какой-то механизм, помимо ручных проводок, чтобы отразить корректировку поступления (пришли исправительные счет-фактуры) 2016 года?

(0) на исправление документов поступления и/или счет-фактур в БП3 есть специальные документы исправления. Если вам интересны сейчас именно счет-фактуры, то исправление в интерфейсе огрраничено установленной функциональностью. Установите Полные возможности. Скорей всего, этого будет достаточно.

функционал мне известен, только там нужен документ основания с проводками, а его нет, т.к. перенесены только остатки на 01.01.17 а почти все документы по которым проходит корректировка 2016 года