1. В УНФ (финальный релиз) если в Сдельном наряде указывать больше одной продукции, то оплаты сотрудникам по выполненным Операциям распределяются на себестоимость продукции по 0-лям. Стоит оставить в Сдельном наряде только одну продукцию, как сразу в отчете по себестоимости появляется отражение оплаты.

2. При начислении ЗП программа не видит выполненные сдельные наряды. Показывает к выплате 0

По второму пункту думаю скорее всего настроить что то надо (может способ оплаты сотруднику или еще что такое), а вот по первому пункту это скорее  не настройка. Есть кто с УНФ дружит?

конфигуратор открыть религия не позволяет?

Если здесь только философы ответят, то придется открывать. А так, форумы для того и нужны что бы не делать то, что уже кто то делал. Если есть ответ - пишем, а не знаем - так можно просто промолчать )