Собственно, в чем вопрос: что такое ссылка - это конкретное физическое место (адрес) элемента в базе или что-то иное?
то есть зависит ли производительность такого кода:

левое соединение Справочник.Номенклатура КАК СпрНоменклатура
   ПО Что-то.Ссылка = СпрНоменклатура.Ссылка

от количества записей справочника Номенклатура?