В какой момент в ЗУП 3 заполняется регистр Состояния сотрудников.
По идее должен при записи регистра ДанныеСостояний, но там какая то отложенная запись. Рег задания тоже никакого не нашел

Все правильно, при записи в регистр ДанныеСостояний вызывается процедура СостоянияСотрудников.ОбновитьСостоянияСотрудников и заполняется регистр СостоянияСотрудников

(1) не совсем
В модуле регистра

Процедура ПриЗаписи(Отказ, Замещение)
    
Если ЗарплатаКадры.ОтключитьБизнесЛогикуПриЗаписи(ЭтотОбъект) Тогда
    Возврат;
КонецЕсли;


А в модуле документа

ЗарплатаКадрыРасширенный.ИнициализироватьОтложеннуюРегистрациюВторичныхДанныхПоДвижениямДокумента(ДокументОбъект.Движения);

Который собственно и отключает логику