В УТ, комплексной и т.п конфах есть механизм продажи недостающих товаров из одной компании в другую. А нет ли такого механизма в рамках одной организации, но по складам. То есть на одном складе одной и той же организации товара нет, но продажи с него оформляются, а в конце дня происходит автоматическое или полуавтоматическое перемещение недостающих товаров со склада на склад.

Или это делается через какие-то иные механизмы?

Интересует как в комплексной 2.3

так продавай с того склада, на котором висит товар

(1) та не, это колхоз.
идея то здоровая - запланировать движение запасов по своим складам. чтобы они копились исходя из реальных заказов.
но не помню чтобы такой механизм где-то был в готовом варианте.
банально, можно сделать обработку заполнения для документа перемещения. где
а) опросит недостачу на складе-2, минус то что уже едет;
б) опросит остатки по недостаче из а) на складе-N. заполнит на размер недостачи или "сколько есть".
в) закинуть в ТЧ. записать будущим числом.

А при реализации делать документ перемещения недостающего товара на склад отгрузки почему не хочешь?

(1) Там проблемка в том, что в комплексной нельзя настроить распределение продаж по основной системе налогообложения и ЕНВД при продаже с одного склада. Хотят ЕНВД-шные продажи делать с другого, а товары не перемещать вручную, а по итогам реализации. Продали за день 100 чеков - весь товар из них чтобы сам переместился с основного склада на розничный.

(2) пожалуй, обработку заполнения табличной части - это наиболее удобный выход

(3) реализаций дохрена, каждый чек - реализация