Здравствуйте!
Занимаемся списание остатков алкоголя с Регистра ЕГАИС.
Делаю так: Приказ на пересчет => Пересчет товаров => Списание => Акт списания ЕГАИС, там автоматом подбираю справки и провожу.
Все правильно? Не чего дополнительно не нужно?

https://its.1c.ru/db/egais#content:2:hdoc

Это с 01.01.18 будет, пока надо просто кучей списать все что есть на остатках, с 01.01.16 не списывали не разу

(2) Так списывай.
Только нужно сравнить с остатками в ЕГАИС, а не на складе - они у вас явно разные.