Самописная конфигурация. Специалист работает с программой через отдельный интерфейс - АРМ. АРМ в свою очередь работает с оборудованием через COM порт, каждые 2 секунды опрашивая его через Обработчик Ожидания.
Всё это прекрасно работало на 8.2, но на 8.3 поведение программы изменилось - теперь каждый раз когда срабатывает Обработчик Ожидания  в контексте формы АРМ - форма АРМ отображается на переднем плане, закрывая собой любые отчеты, справочники ит.д.
Нигде не могу найти информацию по этому вопросу, может кто знает - настраивается ли это.

Есть конечно вариант - из АРМ всё (справочники,отчеты,Документы) открывать модально, отключая обработчик и подключая его снова при закрытии. Но в эпоху ухода от модальности - это явно не лучший выход.

(1) что мешает отключать обработчик и подключать его снова без модального открытия?

(2)
1.По какому событию подключать?
2.Зачастую новую форму просто сворачивают и она висит целый день

можно так:
1. 1) при создании
2) при повторном открытии
2. во всех других формах в тех же местах дописать строчку вида
Оповестить("ПереключениеФормы");

в форме АРМ ловить событие "ПереключениеФормы" в обработке оповещений и грохать обработчик ожидания если таковой жив.

(0) Скорее всего в обработчике есть вызов сервера, который вызывается с контекстом формы. Попробуй вызывать функции без контекста. Для этого возможно придется переписать немного.