Есть две базы (БП и ЗУП), в них изначально идентичный список организаций. При попытке синхронизироваться в каждую из них переносятся соответственно все организации базы-партнера. То есть, по какой-то причине 1с не сопоставляет уже имеющиеся элементы с теми, которые должны быть синхронизированы.
В чем может быть причина?
