При свертке базы типовой обработкой, если в конфу добавлен регистр накопления то проблемы нет с остатоком по нему, а что делать с регистрами сведении когда удаляешь документы, которые его двинули и вдобавок являются регистратором?

Какая разница в каком регистре является регистратором документ РН или РС, в обоих случаях нужно пользоваться документов Корректировка регистров.

(0) это какие к примеру? Регистр цена?

Периодические регистры сведений оформляются корректировкой регистров (как и все остальные) на значение среза последних