В Справочнике в формах выбраны нужные, а открывает авто-сгенерированые формы.

переделал в СписокПередНачаломДобавления()

ПолучитьФорму("Справочник.ДоверенностиКонтрагентов.Форма.ФормаЭлемента".Открыть();

Но почему стандартным образом не работает??

Кончай говнокодить уже
ОткрытьФорму

И посмотри в модуле менеджера, не переопределяется ли форма там

И режим запуска и какая форма тоже влияет

(3) режим запуска обычные+уф в совместимости, но другие вроде открываются как надо

(3)  похоже ты прав - в режиме совместимости все стандартые вещи для уф надо прописывать руками :(