Обмен планируется осуществлять через синхронизацию данных по правилам конвертиции, обмен по сути односторонний ДО->УПП и только контрагенты
Среди года портить нумерацию документов и кодов справочника желания совсем нет.Вопрос как настроить синхронизацию без префикса со стороны УПП?

никогда не понимал боязнь добавления префиксов. Завели новый документ поставили номер по порядку. Тоже самое в ключевых справочниках.
А по теме в общем модуле найти код, который отвечает за префиксы и убрать префикс ИБ. Искать можно по слову "префикс".
Когда появятся документы или справочники с одинаковыми кодами, не удивляться. :)

(1) те поломать механизм формирования нового номера?
не появятся одинаковые номера, конфы разные, одинаковые только контрагенты и потом договоры

(1) а если у тебя только контрагенты и нумерация тебе не важна, дык не тащи номер совсем... зачем он тебе? правила подсунь свои и радуйся.