Доброго времени суток
Существует возможность программного создания внешнего источника данных (MS SQL) прямо внутри кода внешней обработки, чтобы использовать таблицы в запросе для стыковки данных?
Или тупо выгружать нужную таблицу из скула в ТЗ и использовать ее как временную таблу в запросах?

да существует возможность. создайте вид в конфигураторе.
разберите её с помощью v8unpack . разберите обработку v8unpack.  добавьте в макеты обработки вид из конфигурации.
соберите обработку  v8unpack . имя вид в обработке не должно совпадать с именем вид в кофигурации.