В базе приемнике есть контрагенты.

В базе источнике если больше контрагентов.

Переношу договора контрагентов.

Как сделать так, чтобы когда Владелец для договора не нашелся договор не создавался?

Перед загрузкой в ПКО все что доступно имеет тип Строка.
Во время загрузки уже нельзя отказаться от создания.

После загрузки написал что то вроде

Если НЕ ЗначениеЗаполнено(Объект.Контрагент) Тогда
Попытка
Объект.Удалить();
Исключение
Конецпопытки;
КонецЕсли;

1. Проверку владельца надо делать в событии При загрузке. Только не использовать Удалить(), а поставить отмену в истину.
2. Для контрагента поставить галку "Не создавать объект в приемнике, если он НЕ найден", чтобы он не грузился по ссылке.

(1) Отказ = Истина;

Просто в описание обработчика ничего не написано про то что можно отказаться от создания