Каким лучше механизмом воспользоваться для выгрузки данных одной организации из ЗУП3 в центральную базу ЗУП3, универсальной ВыгоузкойЗагрузкойДанных?

(0) а почему бы не попробовать?

Дополнительные сведения и ПВХ скорее всего так задвоятся. Лучше через КД2 написать правила за час.

(2) Вот тоже думаю - задвоит.

Автор, ты отпиши по итогу что получится. Мне в будущем тоже понадобится. И желательно в подробностях. Спасибо.

(3) Можно извратиться, открыть потом файл выгрузки и исправить GUID :)

+(6) в дополнение, еще посмотреть настройки. Ведется штатка или нет. Надо будет если что регистры сведений и документы перезаполнять.