Перенес данные в ЗУП 3, в базе в числе прочего вижу документ "Перенос данных" Ротп, сформированы движения по регистру "Реестр отпусков", в документе все данные заполнены. Но в отчете "Остатки отпусков" вижу фигу, а именно нет ни одного отпуска ни у кого за все года работы. Это так и задумано?
И что теперь, пилить обработку формирования ввода начальных остатков отпусков?

Остатки отпусков и реестр отпусков никак не связаны, начнем с этого

Смотри что есть в РС НачальныеОстаткиОТпусков

http://forum-1c.ru/index.php?topic=72249.0

В следующий раз попробуй кнопочку "Я" справа от темы

(2) Пусто. Штатный обмен почему-то выгружает пустые документы.

(3) Кнопочкой "я" твою ссылку не найдешь. За наводку спасибо, пойду пробовать.

Проблема что при новых обновлениях типовых (изменяют метаданные) старые механизмы переноса или синхронизации не всегда проверяют.

(5) Тему плохо обозвал, я нашел по "зуп 3 перенос данных реестр отпусков"