Как это сделать? в конф.источнике единицы измерения в документах - это Ссылка.КлассификаторЕдиницИзмерения, а в конф.приемнике - составной тип,КлассификаторЕдиницИзмерения и ЕдиницаИзмерения

(0)+ в источнике альтернативные единицы с коэффициентами заданы в тч Номенклатуры.

И что тебя смущает?

(2) нужно что-то вроде:
Если Единица(переданная из источника)<> Приемник.ЕдиницаИзмерения (тип=ЕдиницаПоКлассификатору) Тогда найти ЕдиницаИзмерения (тип=справочник.ЕдиницыИзмерения) по Владельцу и Наименованию
вопрос в том где это (в каких обработчиках) организовать?

(3) А зачем? У тебя в источнике есть тип, в приемнике есть такой же тип... вот и выгружай тип в тип, зачем изобретать грабли?

(4) в приемнике же в доках может стоять либо единица номенклатуры (базовая, она по классификатору) либо альтернативная из справочника ЕдиницыИзмерения. Там не должно быть произвольной единицы по классификатору

(5)+ пока идея такая : Единицу передать в параметр и в ПослеЗагрузки обработать

(5) ну сделай 2 правила.

(6) Зачем в параметр передавать?
Если ЕдиницаИзмерения.Коэффициент = 1 Тогда
ИмяПКО = "ЕдиницыПоКлассификатору";
Иначе
ИмяПКО = "ЕдиницыИзмерения";
КонецЕсли;

(8) ну а что такое "ЕдиницаИзмерения.Коэффициент = 1"? Передается  ЕдиницаПоКлассификатору, у нее нет коэф-та

(9) Тогда я тебя не недопонимаю, у тебя везде коэффициент = 1, значит и выгружай как ЕдиницаПоКлассификатору. В чём вопрос в (0)!?

(10) у СправочникСсылка.КлассификаторЕдиницИзмерения нет такого реквизита - Коэффициент.

(5) какая разница, что может стоять в приемнике. Ты переносишь данные, в источнике это КлассификаторЕдиницИзмерения значит и в приемнике это должно быть КлассификаторЕдиницИзмерения

(11) В документах реквизит ЕдиницаИзмерения не всегда нужно заполнять, нужно смотреть по конфигурации, в справочнике номенклатуры тоже не нужно, если единица измерения базовая.

(12) (13) для конкретики - переношу в унф.
чисто логически: поступит 10 шт или 10 упаковок или 10 ... (чего?)- и разницы нет)?

(14) У номенклатуры есть базовая еденица по классификатору, что там указано, по тому и будет считать программа. В УНФ не проверял, сам попробуй, у меня на УНФ аллергия :)

(15) я сейчас не могу посмотреть, но по базовой-то может и будет считать, только из источника-то выгружается не в базовой, там другая единица, у нее относительно базовой коэф.

+ (16) буду завтра тестить в таком варианте:

В ПКС Единицу передаю в параметр и в ПослеЗагрузки:

Если ПараметрыОбъекта <> Неопределено тогда
    ТаблицаПараметровТовары = ПараметрыОбъекта["ТоварыТабличнаяЧасть"];
    Если ТаблицаПараметровТовары <> Неопределено Тогда
        Для Каждого СтрокаПараметров Из ТаблицаПараметровТовары Цикл
            Если Объект.ЕдиницаИзмерения <> СтрокаПараметров.ЕдИзм Тогда
                Отбор = Новый Структура;
                Отбор.Вставить
                ЕдиницаИзмерения = Справочники.ЕдиницыИзмерения.НайтиПоРеквизиту("Наименование",СтрокаПараметров.ЕдиницаИзмерения,,Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].Номенклатура);
                Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].ЕдиницаИзмерения = ЕдиницаИзмерения;
            Иначе
                Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].ЕдиницаИзмерения = Объект.ЕдиницаИзмерения;
            КонецЕсли;
        КонецЦикла;
    КонецЕсли;
КонецЕсли;

сорри)
вот так:
// определение ЕдиницыИзмерения //
Если ПараметрыОбъекта <> Неопределено тогда
    ТаблицаПараметровТовары = ПараметрыОбъекта["ТоварыТабличнаяЧасть"];
    Если ТаблицаПараметровТовары <> Неопределено Тогда
        Для Каждого СтрокаПараметров Из ТаблицаПараметровТовары Цикл
            Если Объект.ЕдиницаИзмерения <> СтрокаПараметров.ЕдИзм Тогда
                ЕдиницаИзмерения = Справочники.ЕдиницыИзмерения.НайтиПоНаименованию(СтрокаПараметров.ЕдиницаИзмерения.Наименование,Истина,,Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].Номенклатура);
                Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].ЕдиницаИзмерения = ЕдиницаИзмерения;
            Иначе
                Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].ЕдиницаИзмерения = Объект.ЕдиницаИзмерения;
            КонецЕсли;
        КонецЦикла;
    КонецЕсли;
КонецЕсли;

может кому понадобится ...) (рабочий вариант):

// определение ЕдиницыИзмерения //
Если ПараметрыОбъекта <> Неопределено тогда
    ТаблицаПараметровЗапасы = ПараметрыОбъекта["ЗапасыТабличнаяЧасть"];
    Если ТаблицаПараметровЗапасы <> Неопределено Тогда
        Для Каждого СтрокаПараметров Из ТаблицаПараметровЗапасы Цикл
            ЕдиницаПоКлассификатору = Справочники.КлассификаторЕдиницИзмерения.НайтиПоНаименованию(СтрокаПараметров.ЕдИзм,Истина);
            Если Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].Номенклатура.ЕдиницаИзмерения <> ЕдиницаПоКлассификатору Тогда
                ЕдиницаИзмерения = Справочники.ЕдиницыИзмерения.НайтиПоНаименованию(СтрокаПараметров.ЕдИзм,Истина,,Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].Номенклатура);
                
                Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].ЕдиницаИзмерения = ЕдиницаИзмерения;
                
            Иначе
                
                Объект.Запасы[СтрокаПараметров.НомерСтроки].ЕдиницаИзмерения = ЕдиницаПоКлассификатору;
            КонецЕсли;
        КонецЦикла;
    КонецЕсли;
КонецЕсли;